Может ли в агроэкосистеме быть более трёх трофических уровней?

Да. Основная пищевая цепь в агроэкосистемах имеет три трофических уровня: сельскохозяйственные растения → человек → сапротрофные бактерии, потребляющие экскременты человека. Но сельскохозяйственные растения частично потребляются вредителями (насекомыми, птицами, мышами и др.). Тогда возможны трофические цепи с более чем тремя трофическими уровнями. Например, растение → мышь → уж → скворец.