Аспирант Вася Пупкин поймал в раковине таракана и засунул его в секвенатор (прибор, определяющий последовательность

•  В вопросе ничего не написано о том, как готовили таракана к се-квенированию. Поэтому можно предположить, что чужеродные фрагменты генома могли принести паразиты и симбионты таракана, какие-то организмы, которые он переносил на себе случайно (случайно осевшая на хитин бактерия) и непереваренные клетки из его пищи.
•  Кроме того, неизвестно, насколько «чисто» был проведен эксперимент. Если Вася Пупкин просто приготовил таракана к эксперименту и разлил полученный гомогенат по пробиркам, то мог, например, не помыть заранее пробирки. Вирусы, бактерии, простейшие и мелкие многоклеточные животные могут переноситься воздухом и попадать в пробирки и другие важные части секвенатора. В принципе, «летать» могут даже фрагменты ДНК.
•  Геном самих клеток может меняться: может произойти мутация, транспозиция или хромосомная перестройка, встроиться ретровирус или транспозон и так далее.
•  Впрочем, отдельная соматическая мутация вряд ли окажет серьезное влияние на результаты секвенирования ДНК. Зато Пуп-кину мог попасться мутантный таракан, случайно убежавший из другой лаборатории. А ретровирус или транспозон мог попасть в клетки зародышевого пути, изменить геном гамет и впоследствии закрепиться.
•  В геноме любого организма наверняка содержатся настолько важные гены, что любое изменение в них может быть смертельным. Например, такие гены могут отвечать за синтез или хранение ДНК. Или это могут быть гены, кодирующие транспортную РНК. Из-за того, что мутации в этих генах летальны, они, скорее всего, будут почти одинаковы и у амебы, и у таракана или человека.
•  Другие, менее важные гены, тоже могут быть очень похожи, например, у таракана и комара. Или у таракана и мечехвоста. То есть, чем ближе к таракану какой-то организм, тем больше этого организма и таракана будет одинаковых генов. Возможно, Вася Пупкин принял за чужеродные гены именно их.